prueba esto :
Código PHP:
<? php
$archivo=archivo_a_proteger
if(chmod($archivo,0600)){
echo "permisos cambiados";
}else{
echo "error";
}
?>
la funcion chmod te devuelve true o false de acuerdo a lo que suceda, lo mas probable es que no seas tu el propietario de los archivos, asi que no creo que puedas cambiar los permisos.
saludos