Hola!
Habeis probado con la libreria de 
Prototype?, resuelve muy bien los problemas que comentais de Request que tienen JavaScripts ... 
Os adjunto un ejemplo ... 
 Código HTML:
  <script type="text/javascript" src="http://url/to/prototype.js"></script>
    <script type="text/javascript">
      window.onload = inicio;
      function inicio() {
        Event.observe('div_uno','click',peticion,false);
      }
      function peticion() {
        var opciones = { evalScripts: true };
        var url = 'hola.html';
        new Ajax.Updater("resp",url,opciones);
      }
    </script>
<body>
<div id="div_uno"  style="border: 1px solid black;">
Haz click en este div y recibiras un alert via Ajax;
</div>
<br />
<div id="resp" style="font-weight: bold; border: 1px solid blue;">
Esperando ...
</div>
</body>  Y el fichero hola.html contiene: 
 Código HTML:
 Peticion Ajax correcta
<script type="text/javascript">
alert('hola');
</script>  Espero sirva ...
Saludos!!