Primero tendrás que abrir el fichero en cuestion y ajustar el "apuntador" a la posición que te interesa, lo que se entiende como "posicionar el cursor" en el punto donde quieras empezar a "escribir", por así decirlo.
Tendras que utilizar:
fopen(), para abrir el fichero
http://es2.php.net/manual/es/function.fopen.php
fwrite(), para escribir en el
http://es2.php.net/manual/es/function.fwrite.php
para manejar tu fichero correctamente.
Te paso otro enlace a las Funciones del Sistema de Archivos de php
http://es2.php.net/manual/es/ref.filesystem.php