Me cito a mi mismo, a ver si esta vez lo ves:
Cita:
Iniciado por GreenEyed 
... Ten en cuenta que si usas caminos relativos, el directorio por defecto es desde donde se inicia el java.exe... y eso es desde donde se arranca el tomcat, que puede ser cualquier sitio. Por eso en aplicaciones web se suele tomar como base el directorio servletContext.getRealPath("") que es el directorio donde esta montado el contexto, al nivel de tus ficheros HTML etc. Así que cojes ese directorio, y montas tus caminos a partir de el, para que funcionen donde quiera que pongan tu aplicacion web.
...
Así que como verás es normal que sin poner nada te cree el directorio en c:\eclipse, puesto que ahi debe ser donde arranca la JVM el Eclipse. Y si, es mejor que los guardes relativos al contexto, así que usa servletContext.getRealPath("") como base.
En cuanto a que te guarde el fichero en tu maquina... si estas ejecutando en tu máquina el cliente y el servidor... no hay otra opción
.
Olvida el fileupload de momento, no es para que lo tu crees.
S!