Cita: quiero comprobar si existe ya uno con el mismo nombre
con la funcion is_file("nombre.dat")
Cita: y me pregunte si deseo sobreescribirlo o no.
Si se lo quieres preguntar al usuario , se me ocurre tendras que grabar el archivo primero con un nombre temporal y ese nombre y ruta lo guardas en una variable de session en una tabla temporal de tu bd ... luego imprimes el html donde realizes la pregunta con su form correspondiente ... y el script q reciba dicho form ... vea si lo quiere sobreescribir ( utilizas rename para renombrar el archivo temporal al q qieres sobreescribir) ...