Tal vez sea lo que te decía antes. Entre versiones Mysql cambió el protocolo de login. Esto hizo que las nuevas claves de los usuarios, de los servidores mysql actualizados, no fuesen posibles de generar por los clientes antiguos (recordar que db-designer es el antepasado de mysql workbench, ya que mysql la compró).
La solución es crear los usuarios con la forma de ponerle passwords antigua.
Ver:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/old-client.html