En principio lo que leo debería de funcionar y no dar el mensaje de aviso de registro ya existente.
De todas maneras, no tiene sentido que al evaluar dos veces una variable a la que no se le cambia el segun este script de TRUE en las dos.
Yo lo que haría sería esto:
Código PHP:
if($num_reg >= 1)
{
//Muestra mensaje de registro ya existente
}
else
{
//Rutina para almacenar los registros en la BD
}