Nota mental: hay que salvar el fichero creado antes de liberar el objeto DOMDocument...

(... ups!)
Por lo que el código quedaría asi:
Public Sub CrearXML(FileName As String)
'crear fichero xml vacío
Set mobjDOM = New DOMDocument50
mobjDOM.save (App.Path & "\Escritos\" & FileName & ".xml")
Set mobjDOM.documentElement = mobjDOM.createElement("pulsaciones")
mobjDOM.save(App.Path & "\Escritos\" & FileName & ".xml")
Set mobjDOM = Nothing
End Sub
Esto funciona correctamente pero me parece una solución un poco cerda.
A lo dicho, si alguien sabe alguna otra forma, toda sugerencia será bienvenida.
Muchas gracias