FAT32 es "mejor" porque está mejor soportado por Linux. NTFS es mucho más cerrado y por eso siempre ha tenido peor soporte. Actualmente Linux lee perfectamente NTFS y es capaz de escribir de forma segura, aunque como siempre, nadie garantiza esa "seguridad". Por eso resulta mejor opción dejar el sistema de archivos como FAT 32.
La opción "normal" para sistema de archivos en Linux es ext3, el formateo lo podés hacer desde la instalación misma de Ubuntu, windows no podrá formatearlo.
Saludos y suerte
