pues aqui te dejo una idea:
archivo.bat
Código:
mysql -u usuario -pContaseña nombreBaseDatos < archivo.sql
archivo.sql
Código:
create database pruebaBAT;
drop database pruebaBAT;
......
esa seria una forma facil aunque con dos archivos, pero si no quieres dos archivos podrias hacer un pequeño programita en JAVA, VB, C# o en cualquier otro lenguaje que conozcas, para hacer lo que tu archivo BAT deberia hacer, saludos, cya