Para eso se tendría que crear un programa específico que monitorizara la aplicación que quieras. Por ejemplo, el gestor de descargas Download Accelerator Plus tiene una opción para apagar el ordenador una vez que se ha descargado un archivo. Creo que sería un caso parecido, esa opción tendría que venir programada dentro de la aplicación.
Lo más común en este tipo de aplicaciones es que tú programes la hora a la que se apaga el ordenador. para eso podrías usar NoExit:
http://www.portalprogramas.com/1204-...ar-NoExit.html