que sistema operativo usuas?
en windows puedes respaldar el directorio activo para despues recuperarlo.
Si tienes un contralador de dominio secundario puedesa replicarlo desde alli una vez instalado elnuevo
si apagas el primario y el secundario funciona bien no deberis tener problemas de seguir arriba con la red.
ve mas informacion en
http://www.microsoft.com/Latam/technet/home.asp