Bueno , creo que puedes organizar los datos de tu archivo de mejor forma asi
Código:
id|nombre|passwd|directorio|nivel
Entonces solo parseas el codigo segun el | (esta mas que decir que no debe haber un nombre ni pawwd ni directorio con el caracter |, lo puedes reemplazar por un letra eso).
Ahora para modificar una determinada linea de un Archivo, lo que tienes que hacer es leer el archivo linea por linea (e ir salvando la linea en un array o en otro archivo) hasta encontrar la linea que queremos modificar, creamos el nuevo string con los datos a modificar, y escribir esa linea en el array o en el nuevo fichero (si la quieres eliminar te la saltas) .. asi sucesivamente .. hasta terminar luego borras el archivo y renombras al nuevo por el antiguo.
Lo otro seria utilizar un fichero XML , y trabajar con la libreria DOM para XML (tanto para leer, como escribir, updatear)
Saludos