Tienes un buen manual de MySQL en:
http://www.programacion.net/tutorial/mysql_referencial/
Para lo que quieres, lo que tienes que hacer es poner un identificador único en cada tabla. Por ejemplo en cotizaciones pones un campo llamado Id. En los artículos pones un campo IdCotización. Haces la consulta:
SELECT ... FROM articulos WHERE IdCotizacion='x'