Programacion a 3 capas PHP

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capa presentación -> dominio / negocios -> persistencia

El form en la capa de presentación, en dominio / negocios una clase Usuario que le puedas pedir uno o más usuarios y en persistencia una clase BaseDeDatos, o una una clase que se encargue de conseguir los usuarios, u otra clase Usuario que pueda resolver el mismo pedido pero que sí tenga ahí las llamadas concretas a la base de datos.

Cada capa una responsabilidad clara. Una presenta datos, la otra tiene la lógica del negocio (como se manejan los usuarios, como interactúan con otros objetos, etc) y la persistencia permite guardar o recuperar los objetos en un modelo relacional como es un motor de base de datos.

Que nadie haga el trabajo de otra capa. A veces parecerá redundante o que se agregan pasos que podrían ser más directos, pero cuando tienes un sistema que empieza a crecer se ve más claro y se entiende que es la única forma de trabajar.