Aqui algunos pasos, para llevar a cabo la opción 1:
 
1) Crear las tablas del tipo InnoDB. ¿Que usas para crear tus tablas?
2) Código de ejemplo para usar transacciones:  
 Código PHP:
    <?php
    //conectar a mysql
 .....
     $error="";
     //iniciar la transaccion
     mysql_query("START TRANSACTION;");
     //insertar cotizacion
     $sql="insert into cotizacion .....";
     mysql_query($sql);
     $error.=mysql_error();
     //agregar a disponibles
     $sql="insert into disponibles.....";
     mysql_query($sql);
     $error.=mysql_error();
     //actualizar articulo
     $sql="update articulo set campo=nuevo_valor";
     mysql_query($sql);
     $error.=mysql_error();
     //si no hay error ejecuta la transaccion
     if(trim($error!=""))
          mysql_query("COMMIT;");
     //si hay error deshago la transaccion
     else
          mysql_query("ROLLBACK;");
?>