Hola, fue por que omitio tu else.. que tenias en la condicion..
a ver testea asi..
Código PHP:
<?php
$dir = (isset($_GET['dir']))?$_GET['dir']:'../dir1/dire2/direc3/';
$directorio=opendir($dir);
if ($dir=='../dir1/dire2/direc3/')
$i = 1; //Contador
while ($archivo = readdir($directorio))
{
if ($archivo=='.' || $archivo=='..') continue;
else
{
$ruta=$dir.$archivo;
echo "<a href='".$ruta."' rel='lightbox'><img src='thumb.php?ruta=".$ruta."&ancho=70&alto=70'></a> ";
if($i == 5){
echo "<br>";
$i = 1;
}
else {
$i++;
}
}
}
?>