prueba con esto y dices que tal.
Código PHP:
while ($row=mysql_fetch_assoc($result))
{
if($rut=='')//si rut esta vacio
{
$rut=$row['rut'];//tomamos el primer valor
}
($rut==$row['rut'])?$sel='selected':$sel='';
echo '<option value="'.$row['rut'].'" $sel>'.$row['rut'].'</option>';
}
echo '</select>';
saludos