Hasta donde llega mi razonamiento, de la forma en que mandas las variables nunca vas a saber que posición tenía esa variable ya que las estas mandando en forma de array y si no se selecciono el checkbox 1 simplemente no lo agregará al array. Una posible solución sería que enviaras las variables por separado y hay si sabrias que posición tiene. Ejemplo:
Código PHP:
<?php
if( isset( $_POST['submit'] ) )
{
$nombre1 = $_POST['nombre1'];
$nombre2 = $_POST['nombre2'];
$nombre3 = $_POST['nombre3'];
if( !empty( $nombre1 ) )
echo "Posición 1: ".$nombre1."</br>";
if( !empty( $nombre2 ) )
echo "Posición 2: ".$nombre2."</br>";
if( !empty( $nombre3 ) )
echo "Posición 3: ".$nombre3."</br>";
echo "<p>";
}
?>
<form action="<?php echo $_SERVER['PHP_SELF']; ?>" method="POST">
<input type="checkbox" name="nombre1" value="valor1">Valor 1
<input type="checkbox" name="nombre2" value="valor2">Valor 2
<input type="checkbox" name="nombre3" value="valor3">Valor 3</br>
<input type="submit" name="submit" value="Enviar">
</form>
Espero sea lo que necesitabas o por lo menos te de una idea. Suerte
