Si no entiendo mal, quieres que el alto de tus capas sean iguales. Lo que me ha funcionado a mí es utilizar el siguiente código de JQuery.
Código:
<script type="text/javascript" src="js/jquery-latest.pack.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
if ($("div#column").height() > $("div#contenido").height()) {
$("div#contenido").height($("div#column").height())
}else{
$("div#column").height($("div#contenido").height())
};
});
</script>
Básicamente lo que hace esto ver cuál de las dos capas es más alta y ajustar la otra para que tengan el mismo alto.
Si quieres más información de JQuery visita: jquery.com