proalex:
Me parece espectacular que seas organizado ya que si no cuando tu sistema se haga muy grande puedes tener verdaderos problemas.
Pero usar un index.php que se encargue de engarzar todo no tiene por qué afectar a tu organización. Es más puede favorecer a que no tengas el problema que tienes ahora sin afectar en nada a tu organización particular.
Te muestro esquemáticamente como funcionaría:
supongamos que en tu root tienes tres carpetas:
1) clientes
2) vendedores
3) proveedores
con sus archivos respectivos.
Ahora en el root tienes el index.php de esta manera:
Código PHP:
<?php
include("config.php"); // Lo tendrás que incluir una sola vez, ahi figura la constante PATH
include(PATH."/".$_GET['seccion']."/index.php");
?>
Obviamente a este pequeño ejemplo habría que implementarle SEGURIDAD, solo es un pequeño ejemplo esuqemático.
Sólo debes poner en tu URL lo siguiente:
www.tu-dominio.com/index.php?seccion=proveedores
Y de esa manera el index.php abrirá dentro de la carpeta proveedores su index.php respectivo.
Y para TODO el sitio ya dispones de la configuración del config.php.
Espero haber ayudado en algo.
Seguimos en contacto.