Aquí en este enlace hay un ocx que convierte un pdf en un archivo de texto. Es que por lo que te he entendido lo estabas leyendo directamante para luego escribir lo que leías en un archivo de texto y claro te sale codificado, es que así no puedes hacerlo.
http://www.softinterface.com/PDFX/Fo...CX-Spanish.htm
Un saludo