Salvo que seas tú el encargado de sistemas en tu facultad, la única manera de "eliminar" esas restricciones es que se cambien en tu servidor proxy, lo cual sólo lo puede hacer el encargado de sistemas.
Puedes tratar de utilizar páginas que se "salten" las restricciones, como
http://www.projectbypass.com o
http://www.anonymouse.org, pero el tema de Msn Messenger es poco probable que lo puedas resolver si es que han bloqueado la mayoría de sitios que acceden al servicio vía web.