Holas Killer Worm ^^
Para hacer los links, por lo que dices sólo los subes, pero no registras este suceso en una base o algo así. Por ello, no puedes saber si hay archivos nuevos para descargar salvo consultado el contenido de las carpetas en donde debieran estar, cierto?
Yo te sugiero eso: que cuando la página se cargue, revise la o las carpetas pertinentes y si encuentra archivos, tome sus nombres y genere los enlaces en la web. Para ver el contenido de una carpeta en PHP tiene dos formas, dependiendo de la versión de PHP que tengas en uso: para PHP anteriores a 5, usa
opendir y funciones relativas; para PHP 5+ usa
scandir ^^.
Suerte!