Veamos, los resultados de Google que te llevan a una página del tipo "Page Not Found" serán eliminadas automáticamente por Google cuando visite tu sitio nuevamente y se de cuenta que las internas que muestra en sus resultados ya no existen.
Para que las nuevas internas sean indexadas puedes enviar las urls mediante
Google Sitemapso conseguir enlaces desde otras webs (cuantas veces se ha repetido esta frase en el foro =P), aunque no creo que tengas problemas de indexación si el bot ya ha tomado las internas en las cuales estabas probando el trabajo. Recuerda que puedes añadir la siguiente etiqueta para que ningun buscador indexe esa interna:
<META NAME="ROBOTS" CONTENT="NOINDEX, NOFOLLOW">
Éxitos!