La primera parte la puedes hacer con substr, o con los operadores de acceso a strings ({}).
La segunda parte es algo mas complicada pero puedes hacerlo con una consulta:
Código PHP:
$sql = "SELECT `cod_user` FROM `users` WHERE `cod_user` LIKE '$inciales%' ORDER BY `cod_user` ASC LIMIT 1";
$rst = msqyl_query( $sql ) or die( mysql_error() );
$row = msyql_fetch_array( $rst );
$numero = (int) substr( $row[0], 3 );
$numero++;
$newCode = $iniciales . $numero;