mm no se PHP, pero en un jsp seria:
Código HTML:
<%//Parte Java
String valor=request.getParameter("numero");
%>
<input type=hidden id='numero' name='numero' value='<%=numero%>'/>
<script>...
document.getElementById().value=contador;
...</script> al campo oculto le asignas el valor que necesitas y al momento de recargar la página o enviar el formulario el valor de Java toma el valor del campo oculto, pero bueno, no se si en PHP hay algo parecido, supongo que si...Suerte y espero que te ayude en algo, si no, pues sorry, no se me ocurre mas
