Hola:
No hay forma de pasar variables javascript a php, aunque se puede usar un formulario o simularlo con un enlace.
Con un formulario sería meter el valor de esa variable en un campo, y recibirla con $_POST/$_GET (según el método del form)... y con un enlace, añadiéndole lo que simularía un formulario con el método get...
enlace = "destino.php?contador=" + contador;
location.href = enlace;
Y lo recibes así:
$cantidad_filas = $_GET["contador"];
Saludos
