Holas jhony88, segun lo que mencionas, si parece un problema en tu juego de caracteres y colaciones que usas en tu MySQL, aunque creo que no te explicaste correctamente...
Cita:
Iniciado por jhony88 
..tengo una aplicación que el collate de los varchar es utf8_general_ci, cuando me conecto a mi aplicación como root
una aplicacion?, supongo que sera una tabla, ahora cuando te conectas "a tu aplicacion" es alguna interfaz que desarrollaste para ingresar a mysql, porque si es asi Puede ser problema del juego de caracteres que tu aplicacion usa para mostrar los datos, o te estas refiriendote al cliente de mysql que viene por defecto.
En caso de que sea el cliente por consola que viene con MySQL, porque no revisas el juego de caracteres de conexion del servidor, o el juego de caracteres de la base de datos o las colaciones, pero puedes intentar esto:
Código PHP:
mysql> set charset utf8;
saludos, cya