Haces la consulta, y el resultado lo asignas a una variable, esa variable la llamas cuando estes construyendo el pdf, dee ser algo asi;
Código PHP:
$pdf->Cell(20,6,$var,1,0,'L',1);
# Es solo un ejemplo
Si no he sido muy claro, aqui puedes ver un listado de scripts, algunos con Mysql.
http://www.fpdf.org/es/script/index.php
Ojala sea de ayuda mi post.