subir archivos comprimidos al servidor

[causita]

Estoy haciendo una web con un amigo para enviar archivos pesados, es seguro subir archivos comprimidos al servidor mediante un formulario (creo q existen virus q se autoejecutan)? Hago la pregunta xq estamos pensando que solamente se puedan subir archivos comprimidos (.ZIP, .RAR), video y mp3.

Esa es mi mayor preocupación. O también podría aceptar archivos de word, excel, power point, videos, mp3, etc...

que alternativas podría manejar? que me aconsejan?

Gracias