El problema que tienen los virus en linux es simple: no hay un "linux" sino que cada distribución es diferente. Si bien tienen muchísimas cosas comunes, quizás un virus para Ubuntu no afecte a mi Slackware.
Por otro lado, por defecto los sistemas Unix se usan (y los programas corren) con privilegios reducidos a lo mínimo indispensable, lo que hace más complicada una infección del sistema completo. Los windows muchas veces (mal administrados) tienen muchos servicios con privilegios de sistema.
Lo que muchas veces se ataca en los UNIX son versiones de programas servidores con errores (por ejemplo, sendmail o apache). Pero también es complejo porque distintos servidores probablemente usen distintas versiones de esos programas, y en algunas versiones probablemente el error esté corregido.
Ergo, lo que facilita el trabajo a los virus en windows es la uniformidad de los sistemas (que solo es una desventaja en este punto jeje ojalá la gente de linux se pusiera de acuerdo en más cosas
)
Pero aún así los servidores UNIX muchas veces deben tener antivirus, sencillamente porque dan servicio a máquinas Windows y por lo tanto son la primera línea de defensa, aunque ellos mismos no puedan verse afectados.
Saludos.