Sí, en algunas cosas es una desventaja. Por ejemplo, un sistema de manejo de paquetes de software común sería genial (aunque las herramientas de cada distribución son muy buenas).
Que GNOME y KDE usaran el mismo tipo de menú sería genial también
Y así podría ponerme a nombrar muchas cosas más, que no vienen al tema porque estamos hablando de Seguridad y Redes en el foro de Actualidad Informática