Holas marcospuig, no sabria decirte como hacerlo con PHPMyAdmin, pero si ejecutas esta sentencia SQL, deberia crearte la relacion entre tus tablas:
Código PHP:
ALTER TABLE alumnosGrupos
ADD CONSTRAINT FK_nombreReferencia FOREIGN KEY (nGrupo, nUnidad)
REFERENCES grupos (grupo, unidad) ON DELETE RESTRICT ON UPDATE CASCADE;
con eso deberia funcionar todo normal, pero antes deberias tener un indice para tus llaves foraneas, si tienes dudas sobre el ALTER TABLE, puedes consultar la documentacion de MySQL, saludos, cya
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/alter-table.html