Si puedes usar el API de Java 6, creo que serás más comodo e independiente de S.O., así que seguiría intentando por ahí:
http://www.javabeat.net/javabeat/jav...iler_api_1.php http://java.sun.com/javase/6/docs/ap...e-summary.html
En caso de seguir por el otro lado, en vez de Runtime.exec tambien podrías usar ProcessBuilder, nuevo desde Java 5:
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/...ssBuilder.html
y que parece más comodo de usar.
S!