Dicho en forma simple (y probablemente incorrecta)
Procesador: cantidad de bits que puede procesar cada vez (en cada instrucción). Al poder procesar más información, puede rendir más a igual cantidad de ciclos de reloj. Es decir, un procesador de 2GHz de 32 bits rinde menos (aunque no la mitad) que un procesador de 2Ghz y 64bits
Sistema: Los programas (incluyendo el SO) se compilan para un procesador más o menos específico. Para que puedan aprovechar los 64bits es necesario que sean compilados para hacerlo, de otra forma trabajarán como si fuera un procesador de 32 bits, desaprovechando la capacidad del mismo.
Tu windows muy probablemente sea de 32 bit, porque las versiones de 64 bits son algo raras de ver y conseguir. Por lo tanto, no aprovechará los 64 bits del procesador.
Y tu procesador, a menos que sea un Intel Itanium, un Core Duo, o un AMD Athlon/Sempron 64, será de 32 bit.
Antes que me olvide, vale mencionar también que los procesadores de 32 bit no soportan más que 4 GB de RAM, mientras que los de 64 soportan bastante más (no recuerdo el número, pero sé que es algo como para no tener que preocuparse por el tema en bastante tiempo
)
Saludos.