Pues tienes que hacer un dump de la estructura de tu base de datos y de los datos si es que tambien necesitas datos, luego usas la herramienta que te proporcionan para administrar tu base de datos (generalmente PHPMyAdmin) y ejecutas el scripts que generaste de tu base de datos, eso es todo lo que necesitas hacer, aqui te dejo un enlace a la documentacion y un ejemplo de su uso:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/mysqldump.html Código PHP:
mysql>mysqldump -u usuario -pContraseña nombreBaseDatos > directorioArchivo.sql
despues de generar ese archivo, lo ejecutas en el servidor, saludos, cya