Sólo hay que cumplir 2 cosas.
1) Un usuario con los permisos necesarios para crear tablas
2) Enviar desde la aplicacion las sentencias adecuadas para crear una tabla
Ejemplo php.
Código PHP:
<?php
//conexion al servidor
mysql_connect("servidor","usuario","password");
//seleccionar la base de datos
mysql_select_db("nombre_bd");
//setencia sql para crear la tabla
$sql="create table prueba (id int, campo1 varchar(20))";
//ejecuto la sentencia
mysql_query($sql);
?>