Seria así:
$searche=mysql_query("select * from empresas where baja=0 order by nombre", $db) or die("proveedores: ".mysql_error());
?>
<form name="Formulario" method="post" action="contrato_alta_checa.php">
<table border=1 width="70%" class="tableV" align="center">
<tr class="trV" align="center">
<td>DATOS GENERALES</td>
</tr>
<tr class="textoarial">
<td><b class="negro">Empresa:</b><br>
<select class="select" name="empresa">
<option value="0">...</option>
<? while($mye=mysql_fetch_array($searche)) {?>
<option value="<? echo $mye["id"]; ?>" <? if($empresa==$mye["id"]) echo "selected"; ?>><? echo $mye["nombre"]; ?></option>
<? } ?>
</select>