Hola,
si forzosamente tienes que manejar una estructura de ese tipo, lo que haría es usar un archivo .htaccess y agregar el include path donde estan tus includes.
Como consejo, consulta con tu proveedor de hosting que método es el más recomendable. Generalmente esa información esta en la sección de soporte.
Hasta ahorita, lo que he hecho es lo anterior o simplemente llamar a un archivo global para todos los scripts usando una ruta absoluta. En ese archivo global cargo cosas como funciones, sesiones, conexión a la bd, etc.
Otra alternativa es usar mod_rewrite y un front controller para que todos los scripts tengan el mismo punto de acceso. Googlealo
Saludos,
k4