Cómo trabajar con POO

[El_Pantera]

He leido bastante sobre Programación Orientada a Objetos (en PHP su mayoria), sobre conceptos como herencia, encapsulación, instancias, clases, etc., etc. etc.. y he visto y manejado código para aplicar esos conceptos...

Bien, mi pregunta masomenos sería: ¿Cómo trabajar 100% con POO?. En varias lecturas han hecho la diferencia, y entiendo el que utilizar una (o varias) clase no es trabajar POO.... pero entonces, ¿qué lo es?.

Estoy por empezar un proyecto, arreglarlo mejor dicho, es un código que ya esta hecho pero que esta demasiado sucio, muy desorganizado, utilizando a la ves clases y funciones y código HTML embebido... y javascript dentro de este. Pretendo poner órden y trabajar con POO ¿qué tengo que considerar?, ¿qué tengo que evitar?, ¿hay algúnos estándares/consejos para trabajar con POO? Me refiero a que he leido de crear un archivo por clase con el mismo nombre de la clase, de no llamar a las propiedades de un objeto directamente sino por un método interno, de la organización de directorios... etc.

Sé que es un tema que da para mucho, pero he leido mucho y no me queda claro la metodología de trabajo... nadie mensiona cosas a considerar para la definición de un objeto, ¿qué tan "largo" puede ser?... no sé si me explico.