El ideal es por cada archivo que va a utilizar las clases hagas el include:
Código PHP:
include('../Clases/Familia.php');
include('../Clases/SubFamilia.php');
include('../Clases/BaseDeDatos.php');
$subFamilia = new SubFamilia();
Asi todos los componentes los incluyes cuando realmente los vas a utilizar.
Saludos.