Saludos
lo puedes hacer de la siguiente forma:
Guardas tu archivo en excel puede ser con extension .csv. Este archivo lo debes guardar en tu servidor donde estan alojadas las tablas de tu Base de datos..
Luego ejecutas por modo consola el mysql
Cita: mysql> use nombre_base_datos;
mysql> LOAD DATA INFILE nombredelarchivo.csv into table nombre_tabla fields terminated by ",";
Hasta Pronto!