como le digo, como ud mueve todo a otra carpeta se le mueven los meta tag arriba d elas hojas de estilo y valla uno a asaber que cosas mas en la web.. por ej.. si tenia una oagen que en el src="" o busqueda decia
<img src="imagenes/arriba.jpg">
tonces ahora debe hacer
<img src="../imagenes/arriba.jpg">
lo mismo para el include conexion ;) que tiene en su php como ya se debio haber dado cuenta asi mismo como sus scripts y demas
<script javascript src="../etc.."></script>
se entiende?