Si quieres dejar las unidades "limpias", mi consejo es el siguiente:
1.- Necesitaras conseguirte un floppy de arranque.
2.- Desde ahí inicias y utilizas fdisk.
3.- Con fdisk borras las particiones y te creas unas nuevas, y las formateas con
el comando format c:.
4.- Terminado esto, podrás instalar limpiamente la versión de windows que elijas.
P.D.
El floppy de arranque lo podras crear desde una versión de windows como la ME o 98 y anteiores.
Ese seria el único problema.