Hola, se puede hacer, te pongo un mini-ejemplo:
Código PHP:
$mal = array('á', 'é', 'í', 'ó', 'ú', 'ñ');
$bien = array('á', 'é', 'í', 'ó', 'ú', 'ñ');
$consulta = mysql_query("SELECT id, texto_utf FROM tabla");
while ($extraer = mysql_fetch_assoc($consulta)){
$extraer['texto_utf'] = str_replace($mal, $bien, $extraer['texto_utf']);
mysql_query("UPDATE tabla SET texto_utf = '".$extraer['texto_utf']."' WHERE id = '".$extraer['id']."'");
}
Ojo, has una copia de seguridad antes, por si acaso me/te equivoques.
SALUDOS
Ruymán Trujillo