Hola, efectivamente en el INE lo puedes sacar:
http://www.ine.es/inebase/cgi/um?M=%...=pcaxis&N=&L=0
Si bajas en la página hay para descargarse un fichero en Excel con los municipios de cada provincia me imagino que se pueda convertir a texto y pasarlo a la BD. Del valor de habitantes pasa directamente.
Te pongo el enlace del Excel:
http://www.ine.es/pob_xls/pobmun05.xls
Saludos