Zend tiene su propio paquete para encriptar/ofuscar el código. Es el
Zend Guard (antes Zend Encoder). Pero el precio podría desanimarte.
Pero también hay opciones gratuitas como
POBS (aunque no se actualiza hace unos cuantos años) o
PHP Obfuscator de Raizlabs.
Si buscas en google por "ofuscar código PHP" o "encriptar PHP" seguramente encontrarás más opciones.
Saludos,