Si que se puede ... eso si .. con sus limitaciones y detalles a tener en cuenta ..
Funciones como exec() .. system() ... shell_exec() y demas te ayudarán:
Mas sobre el tema .. en el manual de PHP.net (el oficial) de lectura recomendada :cantar:
<a href='ir.asp?http://www.php.net/manual/es/ref.exec.php' target='_blank'>http://www.php.net/manual/es/ref.exec.ph...</a>
Un saludo,