Sip, pero siempre que no está bien configurado el Apache acaba marcandolo en las tildes, eñes y demás letras especiales. Ya que si no está bien configurado se basa en el utf-8.
Prueba a cambiar la codificación de tu navegador web a UTF-8 y ya verás como dejas de ver los acentos
Que por cierto, es otra forma de ver si van por ahí los errores :-p